Харуаки Яти обычный старшеклассник, который всегда был в тени своего отца, ученого-исследователя, который часто пропадал в экспедициях и редко появлялся дома. Однажды он получает известие о том, что его отец послал ему еще один подарок, и отправляется на почту, чтобы забрать его. Однако, когда он распаковывает подарок, он обнаруживает странный кубик. Харуаки не понимает, что это за кубик, и начинает исследовать его, пытаясь разгадать его тайны. Он обнаруживает, что кубик может превращаться в различные предметы, и что его можно использовать для различных целей. Однако, когда Харуаки случайно активирует кубик, он обнаруживает, что у него есть некоторые особенности, которые могут быть опасными. Парень не знает, что делать с кубиком, но вскоре он встречает Феар Кубрик, девушку, которая является членом таинственной организации, известной как "Кубическая фундация". Феар объясняет, что кубик был создан его отцом и что он является одним из многих кубиков, которые были созданы в прошлом. Харуаки присоединяется к ним, чтобы изучить и разгадать тайны, но скоро узнает, что они не единственные, кто хочет получить доступ к кубику. Они сталкиваются с другими организациями, которые также ищут объект и готовы использовать любые средства, чтобы его получить.